こちらではAirsGate を紹介します。

AirsGate は格安国内航空券を検索、予約できるサイトです。
検索画面で搭乗日、出発地、到着地を選択して検索ボタンを押すと、国内航空会社各社の値段を比較することができます。

また、往復航空券であれば、一泊の宿泊券が付いたお得な航空券も予約することができます。
この航空券は出発日の10日前の午前中までに予約ができるものなのですが、たとえばＡＮＡやＪＡＬの事前予約料金（28日前までに予約可能なもの）と比べても、割安な料金の場合が多いです。（往復であることと宿泊券が付いていることに注目してください）
出発までに28日をきってしまった場合や、目的地でホテル等に宿泊する予定がある場合は、AirsGate を参考にしてみるとよいかもしれません。